ABOUT THIS TOOL
关于 fastp
面向短读长 FASTQ 数据的开源预处理工具，可完成质量评估、过滤、接头及低质量碱基修剪，并生成 HTML 和 JSON 报告。它面向“Illumina、MGI 等短读长测序数据的质控与预处理”这一类科研任务，可通过CLI、Linux、macOS使用。本站将其归入生物与医学，相关能力标签包括FASTQ 预处理、短读长测序。
适合在短读长测序数据进入比对或定量前，完成基础质量汇总、接头和低质量碱基修剪、长度过滤及双端读取处理。应保存原始 FASTQ、完整命令、软件版本、HTML 与 JSON 报告，并比较处理前后的读取数量和质量分布。
fastp 适合哪些科研任务？
- 检查并预处理单端或双端 FASTQ 数据
- 修剪接头、低质量碱基和指定序列
- 生成可归档的质量控制报告
选择与使用建议
建议先用不含敏感信息的小型任务试用，检查输出是否可追溯、能否导出，以及是否适合你所在团队的工作流。涉及论文结论、统计分析或专业模型时，应保留原始来源、参数和人工复核记录。
- 官方将 fastp 主要定位于 Illumina、MGI 等短读长数据，长读长数据应按官方建议评估 fastplong 或其他专用流程
- 默认过滤和自动接头识别不一定适合所有文库；任何修剪都会改变原始观测，应保留原始文件并记录参数
FASTQ 预处理短读长测序
最后核验：2026-09-07
资料来源：官方来源 ↗
工具功能、价格与政策可能变化，请以官方页面为准。