R科研基础设施
ReadCube Papers
文献管理和阅读平台，支持检索、标注、共享与引用。
文献管理标注
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科研基础设施
支持科研计算、数据处理、可视化、实验管理与可复现工作流的软件、框架和平台；收录并不意味着这些资源本身使用 AI。 当前收录 138 项。
L科研基础设施
LiquidText
通过工作区连接文档摘录、批注与想法，适合深度阅读。
深度阅读批注
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Rayyan
支持系统综述中的文献筛选、协作、去重与冲突处理。
系统综述筛选
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Covidence
覆盖筛选、全文审查、数据提取与偏倚评估的系统综述平台。
系统综述数据提取
查看详情 D科研基础设施
DistillerSR
用于系统综述、文献监测和监管证据管理的工作流平台。
系统综述自动化
查看详情 S科研基础设施
Sysrev
支持团队开展文献筛选、标签定义、数据提取和审查。
文献筛选数据提取
查看详情 Z科研基础设施
Zotero
开源文献管理工具，可收集、组织、引用并同步研究资料。
文献管理引用
查看详情 E科研基础设施
EndNote
商业文献管理与引用工具，支持检索、共享和期刊格式化。
文献管理引用
查看详情 O科研基础设施
Overleaf
在线协作式 LaTeX 编辑器，适合论文、报告和技术文档写作。
LaTeX协作
查看详情 W科研基础设施
Wolfram Mathematica
面向科学计算、符号运算、建模与可视化的综合计算系统。
科学计算符号运算
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MATLAB
用于数值计算、算法开发、数据分析和工程建模的编程环境。
数值计算工程
查看详情 J科研基础设施
JupyterLab
开源交互式计算环境，可组合代码、数据、说明和可视化。
NotebookPython
查看详情 K科研基础设施
KNIME Analytics Platform
以可视化节点构建数据访问、转换、分析和机器学习工作流。
低代码工作流
查看详情 O科研基础设施
Orange Data Mining
开源可视化数据挖掘工具，通过组件连接完成分析与机器学习。
数据挖掘可视化编程
查看详情 G科研基础设施
GraphPad Prism
结合生物统计、曲线拟合与科研图表制作的分析软件。
生物统计科研图表
查看详情 P科研基础设施
Plotly
用于 Python、R 和 JavaScript 的交互式科学图表与分析应用工具。
交互图表Python
查看详情 R科研基础设施
RAWGraphs
开源的网页可视化工具，可将表格数据转换成多种图形。
开源图表
查看详情 D科研基础设施
Datawrapper
无需编程制作清晰的图表、地图和表格，并发布到网页。
图表地图
查看详情 F科研基础设施
Flourish
通过模板制作交互式数据故事、动画图表与地图。
数据故事动画图表
查看详情 T科研基础设施
Tableau
用于数据连接、探索、可视分析与共享的商业智能平台。
可视分析仪表板
查看详情 O科研基础设施
OriginPro
面向科学与工程研究的数据分析和出版级绘图软件。
科研绘图曲线拟合
查看详情 G科研基础设施
ggplot2
基于图形语法的 R 语言开源可视化包，适合可复现科研绘图。
R开源
查看详情 M科研基础设施
Matplotlib
Python 生态中基础且灵活的开源静态、动画与交互绘图库。
Python开源
查看详情 B科研基础设施
Benchling
面向生物技术研发的电子实验记录、序列设计与数据管理平台。
电子实验记录序列设计
查看详情 D科研基础设施
DeepChem
面向药物发现、量子化学与材料科学的开源深度学习工具包。
药物发现深度学习
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NVIDIA BioNeMo
面向生物分子生成、蛋白质和药物研发的生成式 AI 平台。
生成式生物学药物研发
查看详情 N科研基础设施
NCBI BLAST
将核酸或蛋白质序列与数据库比对，寻找局部相似序列。
序列比对生物信息
查看详情 G科研基础设施
Galaxy
开放的网页科研平台，让研究者无需编程运行可复现生物信息流程。
生物信息工作流
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CellProfiler
开源的生物图像分析软件，可批量量化显微图像中的细胞特征。
显微图像细胞分析
查看详情 M科研基础设施
MONAI
基于 PyTorch 的开源医学影像 AI 框架与工具生态。
医学影像深度学习
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ChemDraw
用于绘制化学结构、反应式并处理化学信息的专业软件。
化学绘图结构式
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RDKit
开源化学信息学工具包，支持分子表示、描述符、搜索与建模。
化学信息学Python
查看详情 Q科研基础设施
Quantum ESPRESSO
基于平面波和赝势方法的开源电子结构计算软件套件。
量子化学电子结构
查看详情 B科研基础设施
Biopython
面向计算生物学的开源 Python 工具集，支持序列、结构、数据库与常用文件格式处理。
生物信息学Python
查看详情 S科研基础设施
Scanpy
用于单细胞基因表达数据预处理、降维、聚类和可视化的开源 Python 工具包。
单细胞转录组
查看详情 S科研基础设施
scvi-tools
为单细胞组学提供概率生成模型及统一接口的开源 Python 软件包。
单细胞概率模型
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Nextflow
用于构建可移植、可扩展计算流程的开源工作流系统，广泛用于生物信息学。
工作流可复现计算
查看详情 S科研基础设施
Snakemake
以规则描述分析步骤和依赖关系的开源工作流管理系统。
工作流数据管线
查看详情 N科研基础设施
nf-core
由社区维护的 Nextflow 分析流程集合，并提供统一的开发、测试和发布规范。
生物信息流程Nextflow
查看详情 N科研基础设施
napari
用于浏览、标注和分析多维科学图像的开源 Python 查看器。
多维图像图像标注
查看详情 Q科研基础设施
QuPath
面向数字病理和全切片图像分析的开源桌面软件。
数字病理全切片图像
查看详情 F科研基础设施
Fiji
预装大量插件的 ImageJ 科学图像分析发行版，面向生命科学工作流。
科学图像ImageJ
查看详情 O科研基础设施
OMERO
用于管理、查看、共享和分析显微图像及其元数据的开放平台。
图像数据管理显微数据
查看详情 A科研基础设施
AutoDock Vina
用于预测小分子与受体结合构象并进行打分的开源分子对接程序。
分子对接虚拟筛选
查看详情 O科研基础设施
OpenMM
支持 GPU 加速和 Python 接口的开源分子模拟工具包。
分子动力学GPU
查看详情 O科研基础设施
OpenFE
用于设置、执行和分析相对结合自由能计算的开放工具包与社区项目。
自由能计算药物发现
查看详情 P科研基础设施
pymatgen
用于表示、转换和分析材料结构与计算结果的开源 Python 库。
材料信息学Python
查看详情 A科研基础设施
Atomic Simulation Environment
用于设置、运行和分析原子尺度模拟的开源 Python 工具集。
原子模拟Python
查看详情 L科研基础设施
LAMMPS
用于粒子体系经典分子动力学模拟的开源并行计算软件。
分子动力学并行计算
查看详情 D科研基础设施
DeePMD-kit
训练深度神经网络原子间势并用于分子模拟的开源软件包。
机器学习势分子模拟
查看详情 S科研基础设施
SchNetPack
用于开发和训练原子机器学习模型的开源 PyTorch 工具箱。
原子机器学习PyTorch
查看详情 P科研基础设施
ParaView
面向大规模二维和三维科学数据分析与可视化的开源应用。
三维可视化科学计算
查看详情 U科研基础设施
UCSF ChimeraX
用于分子结构、密度图和相关生物医学数据可视化与分析的桌面软件。
分子可视化结构生物学
查看详情 V科研基础设施
VMD
用于显示、分析和制作分子体系与模拟轨迹图像的可视化程序。
分子可视化模拟轨迹
查看详情 S科研基础设施
seaborn
基于 Matplotlib 的 Python 统计图形库，提供面向数据框的高级绘图接口。
统计绘图Python
查看详情 S科研基础设施
Seurat
用于单细胞转录组数据质控、分析、整合和可视化的开源 R 软件包。
单细胞R
查看详情 B科研基础设施
Bioconductor
以 R 为基础的开放生物信息软件生态，提供分析、注释、实验数据和工作流软件包。
生物信息学R
查看详情 G科研基础设施
GATK
Broad Institute 维护的开源基因组工具包，重点支持变异发现、基因分型及相关测序数据处理。
变异检测基因组学
查看详情 S科研基础设施
STAR
面向 RNA 测序数据的开源剪接感知序列比对器。
RNA-seq序列比对
查看详情 S科研基础设施
Salmon
使用选择性比对或草图方法估计 RNA 测序转录本丰度的开源命令行工具。
RNA-seq转录本定量
查看详情 K科研基础设施
kallisto
通过伪比对估计批量或单细胞 RNA 测序转录本丰度的开源工具。
RNA-seq伪比对
查看详情 H科研基础设施
Hail
面向大规模基因组数据分析的开源 Python 框架，可在本地、云端和 Spark 环境运行。
群体基因组学分布式计算
查看详情 P科研基础设施
PLINK 2
用于全基因组关联研究、基因型质量控制和群体遗传分析的开源命令行工具集。
GWAS基因型分析
查看详情 S科研基础设施
SAMtools
用于读取、转换、排序、索引和统计 SAM、BAM 与 CRAM 比对文件的开源命令行套件。
测序文件比对处理
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MultiQC
汇总多种生物信息程序和多个样本输出并生成统一质量控制报告的开源工具。
质量控制生物信息报告
查看详情 C科研基础设施
Cell Ranger
用于处理 10x Genomics Chromium 单细胞测序数据的一组分析流程，覆盖条形码处理、UMI 计数和部分免疫受体分析。
单细胞测序10x Genomics
查看详情 B科研基础设施
BCFtools
用于操作、查询、过滤、统计和调用 VCF、BCF 与 gVCF 变异数据的开源命令行工具集。
变异文件基因组学
查看详情 E科研基础设施
Ensembl VEP
利用 Ensembl 注释评估基因组变异对转录本、蛋白质和调控区域潜在影响的开源工具。
变异注释功能影响
查看详情 I科研基础设施
IGV
用于交互式浏览参考基因组坐标上的测序、变异和其他基因组数据的开源可视化工具。
基因组浏览器数据可视化
查看详情 I科研基础设施
ImageJ
用于显示、处理、测量和分析科学图像的可扩展开源桌面软件。
科学图像图像分析
查看详情 M科研基础设施
Micro-Manager
用于控制自动化显微镜硬件并执行延时、多通道和 Z 轴堆栈采集的开源软件。
显微镜控制图像采集
查看详情 S科研基础设施
Squidpy
基于 Python 的开源空间组学分析工具，可构建邻域图、计算空间统计并结合组织图像进行分析。
空间组学单细胞
查看详情 S科研基础设施
SpatialData
用于表示、读写、变换和查询单模态或多模态空间组学数据的开源数据框架。
空间组学数据框架
查看详情 T科研基础设施
TorchDrug
面向药物发现研究的开源 PyTorch 图表示学习工具箱，包含分子、蛋白质、反应和知识图谱组件。
药物发现图神经网络
查看详情 D科研基础设施
DeepPurpose
用于药物—靶点相互作用、分子性质及相关生物医学预测任务的开源深度学习工具箱。
药物靶点深度学习
查看详情 G科研基础设施
GROMACS
用于分子动力学模拟、能量最小化和轨迹分析的开源高性能计算软件。
分子动力学分子模拟
查看详情 S科研基础设施
SwissDock
通过网页提交蛋白质—小分子对接任务并查看候选构象的免费科研服务。
分子对接在线服务
查看详情 S科研基础设施
SwissADME
计算小分子理化描述符并预测部分 ADME、药代动力学和类药性指标的免费网页工具。
ADME药代动力学
查看详情 M科研基础设施
MatGL
用于材料与化学图深度学习、性质预测和机器学习势开发的开源 Python 库。
材料图学习机器学习势
查看详情 D科研基础设施
DScribe
将原子结构转换为 SOAP、MBTR 等固定长度数值描述符的开源 Python 软件包。
原子描述符材料机器学习
查看详情 P科研基础设施
phonopy
在谐波和准谐波近似下计算声子谱、态密度和热力学性质的开源软件。
声子计算晶格动力学
查看详情 G科研基础设施
GPAW
基于投影缀加波方法并与 ASE 集成的开源 Python 密度泛函理论计算软件。
DFT电子结构
查看详情 C科研基础设施
CP2K
用于固体、液体、分子和生物体系量子化学及原子模拟的开源高性能软件。
量子化学原子模拟
查看详情 V科研基础设施
VASP
用于第一性原理电子结构、材料性质和量子分子动力学计算的专有科研软件。
第一性原理电子结构
查看详情 A科研基础设施
ABINIT
用于材料和分子 DFT、微扰理论及多体电子结构计算的开源软件套件。
DFT多体计算
查看详情 S科研基础设施
SIESTA
使用严格局域原子轨道进行分子与固体电子结构和第一性原理分子动力学计算的开源软件。
DFT局域轨道
查看详情 O科研基础设施
OpenMX
以赝原子局域基组开展纳米材料电子结构、分子动力学和输运计算的开源软件。
DFT纳米材料
查看详情 V科研基础设施
Vega-Lite
用简洁的声明式 JSON 规范定义交互式统计图形，并编译为 Vega 可视化的开源语法和工具链。
声明式可视化交互图表
查看详情 V科研基础设施
Vega-Altair
基于 Vega-Lite 的开源 Python 声明式统计可视化库，可在笔记本、编辑器和网页环境中生成交互图表。
统计可视化Python
查看详情 B科研基础设施
Bokeh
用于在现代浏览器中创建交互式图表、可视化应用和数据仪表的开源 Python 库。
交互可视化Python
查看详情 P科研基础设施
PyVista
面向科学计算的开源 Python 三维可视化与网格分析库，在 VTK 上提供 NumPy 风格接口。
三维可视化网格分析
查看详情 O科研基础设施
OVITO
面向原子、分子和颗粒模拟数据的科学可视化与分析软件，提供开源 Basic 版、Python 模块和专有 Pro 版。
粒子模拟三维分析
查看详情 V科研基础设施
VisIt
用于网格型科学数据交互、并行后处理和定量分析的开源可视化应用。
科学可视化并行分析
查看详情 C科研基础设施
Cytoscape
用于可视化、分析和扩展复杂网络的开源桌面平台，在分子相互作用与生物网络研究中应用广泛。
网络分析生物网络
查看详情 G科研基础设施
Gephi
用于探索、布局、筛选和展示复杂网络的开源可视化软件，提供桌面版和浏览器版。
网络可视化图分析
查看详情 R科研基础设施
RStudio IDE
面向 R 与部分 Python 工作流的集成开发环境，提供开源桌面和服务器版本以及商业授权版本。
R语言集成开发环境
查看详情 Q科研基础设施
Quarto
将 Markdown、Jupyter 或计算代码渲染为论文、报告、演示、网站和书籍的开源科学出版系统。
可复现出版技术写作
查看详情 D科研基础设施
DVC
在 Git 工作流中记录大型数据、模型和机器学习流水线状态的开源数据版本控制工具。
数据版本控制可复现工作流
查看详情 M科研基础设施
MLflow
用于记录机器学习实验、管理模型与相关产物并支持自托管协作的开源平台。
实验追踪模型管理
查看详情 W科研基础设施
Weights & Biases
用于记录、比较和协作管理机器学习实验、模型及数据产物的托管平台和客户端工具。
实验追踪机器学习协作
查看详情 I科研基础设施
Imaris
用于二维至四维显微图像可视化、对象分割、跟踪和定量测量的专有模块化软件。
显微成像三维分析
查看详情 D科研基础设施
DOCK 6
用于小分子对接、虚拟筛选和结合构象评分的开源命令行软件套件。
分子对接虚拟筛选
查看详情 A科研基础设施
Amber
面向生物分子模拟的分子动力学软件套件；AmberTools 主要为开源组件，Amber26 采用单独许可证。
分子动力学生物分子模拟
查看详情 S科研基础设施
Schrödinger Platform
覆盖分子建模、模拟、信息学和计算药物及材料研究的专有集成软件平台。
分子建模计算药物发现
查看详情 M科研基础设施
MOE
Molecular Operating Environment 的简称，是集分子建模、药物设计、化学信息学和模拟于一体的专有平台。
分子建模药物设计
查看详情 M科研基础设施
Mayavi
基于 VTK 的开源 Python 二维和三维科学数据可视化库与交互式应用。
三维可视化Python
查看详情 F科研基础设施
FastQC
用于检查高通量测序原始数据质量并生成模块化图表与 HTML 报告的开源软件。
测序质控FASTQ
查看详情 A科研基础设施
AiiDA
面向计算科学的开源 Python 工作流基础设施，可自动运行计算并记录数据与过程溯源关系。
计算工作流数据溯源
查看详情 N科研基础设施
NumPy
Python 数值计算基础库，提供多维数组、向量化运算以及线性代数、随机数等核心能力。
数值计算数组
查看详情 P科研基础设施
pandas
用于表格与时间序列数据读取、清洗、转换、连接和汇总的开源 Python 数据分析库。
表格数据数据处理
查看详情 S科研基础设施
SciPy
建立在 NumPy 之上的开源科学计算库，覆盖优化、积分、信号处理、稀疏计算和统计等算法。
科学计算数值算法
查看详情 S科研基础设施
scikit-learn
支持监督与无监督学习、预处理、模型选择和评估的开源 Python 机器学习库。
机器学习模型评估
查看详情 P科研基础设施
PyMC
用于定义贝叶斯概率模型并通过马尔可夫链蒙特卡洛或变分推断进行估计的开源 Python 库。
贝叶斯建模概率编程
查看详情 S科研基础设施
Stan
用于贝叶斯统计建模与高效后验推断的开源概率编程语言及跨语言工具生态。
贝叶斯推断概率编程
查看详情 V科研基础设施
VTK
用于处理和展示科学数据的开源可视化工具包，覆盖三维渲染、图像处理、体绘制与二维图表。
科学可视化三维渲染
查看详情 H科研基础设施
HoloViews
面向 Python 数据分析的声明式开源可视化库，可将数据语义映射为静态或交互式图形。
Python声明式可视化
查看详情 D科研基础设施
Datashader
通过投影、聚合和着色管线将大规模数据转换为可视表示的开源 Python 库。
大规模数据栅格化
查看详情 P科研基础设施
plotnine
基于图形语法的开源 Python 可视化包，通过图层与美学映射组合统计图形。
Python图形语法
查看详情 V科研基础设施
VisPy
利用 GPU 和 OpenGL 加速交互式二维、三维科学数据展示的开源 Python 库。
GPU交互式可视化
查看详情 M科研基础设施
Mol*
面向大规模生物分子结构数据的开源网页可视化与分析工具栈。
分子可视化结构生物学
查看详情 F科研基础设施
fastp
面向短读长 FASTQ 数据的开源预处理工具，可完成质量评估、过滤、接头及低质量碱基修剪，并生成 HTML 和 JSON 报告。
FASTQ 预处理短读长测序
查看详情 C科研基础设施
Cutadapt
按明确的接头、引物或序列规则，在高通量测序读取中查找并移除匹配片段，也支持过滤、双端处理和拆分样本。
接头修剪FASTQ
查看详情 S科研基础设施
SeqKit
用于 FASTA 和 FASTQ 文件查询、转换、统计、抽样、去重与子序列提取的跨平台开源命令行工具集。
序列文件FASTA/FASTQ
查看详情 M科研基础设施
minimap2
用于将 DNA 或 mRNA 序列比对到参考序列的开源程序，支持长读长、短读长、剪接比对及组装间比对。
序列比对长读长
查看详情 B科研基础设施
Bowtie 2
使用 FM 索引将测序读取比对到较长参考序列的开源命令行工具，支持局部、端到端、带缺口和双端模式。
短读长比对参考基因组
查看详情 B科研基础设施
BEDTools
用于计算基因组区间相交、邻近、覆盖、合并和注释关系的开源命令行工具集。
基因组区间集合运算
查看详情 S科研基础设施
statsmodels
面向 Python 的开源统计建模与计量经济学库，提供模型估计、统计检验、诊断和结果汇总。
统计建模计量经济学
查看详情 P科研基础设施
Polars
以 Rust 编写的开源 DataFrame 查询引擎，支持即时与惰性执行、查询优化和流式数据处理。
DataFrame查询引擎
查看详情 D科研基础设施
DuckDB
可嵌入进程内运行的开源分析型 SQL 数据库，适合直接查询本地文件、对象存储和内存数据。
分析型数据库SQL
查看详情 J科研基础设施
JAX
面向高性能数值计算的开源 Python 库，提供 NumPy 风格数组、自动微分、编译、批处理和并行变换。
自动微分加速计算
查看详情 O科研基础设施
Optuna
用于自动搜索模型与算法超参数的开源优化框架，支持动态搜索空间、试验剪枝和并行研究。
超参数优化实验搜索
查看详情 P科研基础设施
PyTorch
支持张量计算、自动微分、神经网络和分布式训练的开源深度学习库，可在 CPU 与多类加速器上运行。
深度学习张量计算
查看详情 T科研基础设施
TensorFlow
用于构建、训练、评估和部署机器学习模型的开源框架，并提供面向服务器、浏览器和移动设备的相关组件。
机器学习模型部署
查看详情 K科研基础设施
Kedro
用于组织模块化、可维护和可复现数据科学代码的开源 Python 框架，提供管线、配置和数据目录抽象。
数据管线可复现计算
查看详情 D科研基础设施
DataLad
建立在 Git 和 git-annex 之上的开源分布式数据管理工具，可对大型研究数据集进行版本控制、获取和共享。
数据版本控制研究数据管理
查看详情 C科研基础设施
CADIMA
用于组织系统综述和系统证据图谱的免费网页工具，覆盖导入、去重、筛选、数据提取和过程记录。
系统综述证据图谱
查看详情 R科研基础设施
revtools
面向证据综合的开源 R 软件包，可导入和去重书目数据，并交互筛选题名、摘要与主题。
证据综合R
查看详情 J科研基础设施
JabRef
以 BibTeX 和 BibLaTeX 文献库为核心的开源跨平台参考文献管理器，支持元数据导入、整理、引用与导出。
参考文献管理BibTeX
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