A模型
AlphaFold
预测蛋白质三维结构，并通过数据库开放大量结构结果。
蛋白质结构预测
查看详情 RESEARCH CATEGORY
生物与医学
生物信息、蛋白质与医学研究。当前收录 78 项工具、模型、数据库或基础设施资源。
B科研基础设施
Benchling
面向生物技术研发的电子实验记录、序列设计与数据管理平台。
电子实验记录序列设计
查看详情 D科研基础设施
DeepChem
面向药物发现、量子化学与材料科学的开源深度学习工具包。
药物发现深度学习
查看详情 N科研基础设施
NVIDIA BioNeMo
面向生物分子生成、蛋白质和药物研发的生成式 AI 平台。
生成式生物学药物研发
查看详情 O模型
OpenFold
AlphaFold2 的开源可训练实现，面向蛋白质结构研究与模型开发。
蛋白质开源模型
查看详情 CAI 工具
ColabFold
通过优化的搜索和推理流程简化蛋白质结构与复合物预测。
蛋白质Colab
查看详情 N科研基础设施
NCBI BLAST
将核酸或蛋白质序列与数据库比对，寻找局部相似序列。
序列比对生物信息
查看详情 G科研基础设施
Galaxy
开放的网页科研平台，让研究者无需编程运行可复现生物信息流程。
生物信息工作流
查看详情 C科研基础设施
CellProfiler
开源的生物图像分析软件，可批量量化显微图像中的细胞特征。
显微图像细胞分析
查看详情 M科研基础设施
MONAI
基于 PyTorch 的开源医学影像 AI 框架与工具生态。
医学影像深度学习
查看详情 B科研基础设施
Biopython
面向计算生物学的开源 Python 工具集，支持序列、结构、数据库与常用文件格式处理。
生物信息学Python
查看详情 S科研基础设施
Scanpy
用于单细胞基因表达数据预处理、降维、聚类和可视化的开源 Python 工具包。
单细胞转录组
查看详情 S科研基础设施
scvi-tools
为单细胞组学提供概率生成模型及统一接口的开源 Python 软件包。
单细胞概率模型
查看详情 N科研基础设施
Nextflow
用于构建可移植、可扩展计算流程的开源工作流系统，广泛用于生物信息学。
工作流可复现计算
查看详情 S科研基础设施
Snakemake
以规则描述分析步骤和依赖关系的开源工作流管理系统。
工作流数据管线
查看详情 N科研基础设施
nf-core
由社区维护的 Nextflow 分析流程集合，并提供统一的开发、测试和发布规范。
生物信息流程Nextflow
查看详情 DAI 工具
DeepVariant
使用深度神经网络从比对后的测序读取中识别遗传变异的开源分析流程。
变异检测深度学习
查看详情 CAI 工具
Cellpose
面向细胞与组织显微图像分割的开源深度学习软件。
显微成像图像分割
查看详情 IAI 工具
ilastik
通过交互式机器学习完成像素分类、对象分类和图像分割的开源桌面软件。
生物图像交互式学习
查看详情 N科研基础设施
napari
用于浏览、标注和分析多维科学图像的开源 Python 查看器。
多维图像图像标注
查看详情 Q科研基础设施
QuPath
面向数字病理和全切片图像分析的开源桌面软件。
数字病理全切片图像
查看详情 F科研基础设施
Fiji
预装大量插件的 ImageJ 科学图像分析发行版，面向生命科学工作流。
科学图像ImageJ
查看详情 O科研基础设施
OMERO
用于管理、查看、共享和分析显微图像及其元数据的开放平台。
图像数据管理显微数据
查看详情 S科研基础设施
Seurat
用于单细胞转录组数据质控、分析、整合和可视化的开源 R 软件包。
单细胞R
查看详情 B科研基础设施
Bioconductor
以 R 为基础的开放生物信息软件生态，提供分析、注释、实验数据和工作流软件包。
生物信息学R
查看详情 G科研基础设施
GATK
Broad Institute 维护的开源基因组工具包，重点支持变异发现、基因分型及相关测序数据处理。
变异检测基因组学
查看详情 DAI 工具
DeepSomatic
使用深度神经网络从肿瘤—正常配对或仅肿瘤测序数据中识别体细胞变异的开源软件。
体细胞变异深度学习
查看详情 S科研基础设施
STAR
面向 RNA 测序数据的开源剪接感知序列比对器。
RNA-seq序列比对
查看详情 S科研基础设施
Salmon
使用选择性比对或草图方法估计 RNA 测序转录本丰度的开源命令行工具。
RNA-seq转录本定量
查看详情 K科研基础设施
kallisto
通过伪比对估计批量或单细胞 RNA 测序转录本丰度的开源工具。
RNA-seq伪比对
查看详情 H科研基础设施
Hail
面向大规模基因组数据分析的开源 Python 框架，可在本地、云端和 Spark 环境运行。
群体基因组学分布式计算
查看详情 P科研基础设施
PLINK 2
用于全基因组关联研究、基因型质量控制和群体遗传分析的开源命令行工具集。
GWAS基因型分析
查看详情 S科研基础设施
SAMtools
用于读取、转换、排序、索引和统计 SAM、BAM 与 CRAM 比对文件的开源命令行套件。
测序文件比对处理
查看详情 M科研基础设施
MultiQC
汇总多种生物信息程序和多个样本输出并生成统一质量控制报告的开源工具。
质量控制生物信息报告
查看详情 C科研基础设施
Cell Ranger
用于处理 10x Genomics Chromium 单细胞测序数据的一组分析流程，覆盖条形码处理、UMI 计数和部分免疫受体分析。
单细胞测序10x Genomics
查看详情 B科研基础设施
BCFtools
用于操作、查询、过滤、统计和调用 VCF、BCF 与 gVCF 变异数据的开源命令行工具集。
变异文件基因组学
查看详情 E科研基础设施
Ensembl VEP
利用 Ensembl 注释评估基因组变异对转录本、蛋白质和调控区域潜在影响的开源工具。
变异注释功能影响
查看详情 E数据库
Ensembl
提供脊椎动物基因组、基因注释、比较基因组和变异信息的开放科研资源。
基因组数据库基因注释
查看详情 U数据库
UniProt
整合蛋白质序列、功能和交叉引用信息的公共知识库，包含人工审阅与计算注释记录。
蛋白质数据库功能注释
查看详情 I数据库
InterPro
整合多个成员数据库的蛋白质特征，用于识别和浏览蛋白质家族、结构域及功能位点。
蛋白质家族结构域
查看详情 I科研基础设施
IGV
用于交互式浏览参考基因组坐标上的测序、变异和其他基因组数据的开源可视化工具。
基因组浏览器数据可视化
查看详情 SAI 工具
StarDist
用星凸形状表示进行二维和三维显微图像目标实例分割的开源深度学习软件。
显微图像实例分割
查看详情 I科研基础设施
ImageJ
用于显示、处理、测量和分析科学图像的可扩展开源桌面软件。
科学图像图像分析
查看详情 M科研基础设施
Micro-Manager
用于控制自动化显微镜硬件并执行延时、多通道和 Z 轴堆栈采集的开源软件。
显微镜控制图像采集
查看详情 S科研基础设施
Squidpy
基于 Python 的开源空间组学分析工具，可构建邻域图、计算空间统计并结合组织图像进行分析。
空间组学单细胞
查看详情 S科研基础设施
SpatialData
用于表示、读写、变换和查询单模态或多模态空间组学数据的开源数据框架。
空间组学数据框架
查看详情 GAI 工具
GNINA
在分子对接中集成卷积神经网络评分与配体优化的开源命令行程序。
分子对接深度学习
查看详情 T科研基础设施
TorchDrug
面向药物发现研究的开源 PyTorch 图表示学习工具箱，包含分子、蛋白质、反应和知识图谱组件。
药物发现图神经网络
查看详情 T数据库
Therapeutics Data Commons
提供治疗学机器学习任务、数据集、评估函数、基准和排行榜的开放研究资源及 Python 软件包。
药物数据机器学习基准
查看详情 D科研基础设施
DeepPurpose
用于药物—靶点相互作用、分子性质及相关生物医学预测任务的开源深度学习工具箱。
药物靶点深度学习
查看详情 G科研基础设施
GROMACS
用于分子动力学模拟、能量最小化和轨迹分析的开源高性能计算软件。
分子动力学分子模拟
查看详情 S科研基础设施
SwissDock
通过网页提交蛋白质—小分子对接任务并查看候选构象的免费科研服务。
分子对接在线服务
查看详情 S科研基础设施
SwissADME
计算小分子理化描述符并预测部分 ADME、药代动力学和类药性指标的免费网页工具。
ADME药代动力学
查看详情 B模型
Boltz
用于生物分子复合物结构和部分结合亲和力预测的开源模型家族及推理软件。
生物分子结构结合亲和力
查看详情 R模型
RFdiffusion
基于扩散模型生成蛋白质骨架、功能位点支架和对称结构的开源研究代码与模型权重。
蛋白质设计扩散模型
查看详情 I科研基础设施
Imaris
用于二维至四维显微图像可视化、对象分割、跟踪和定量测量的专有模块化软件。
显微成像三维分析
查看详情 HAI 工具
HALO
面向全切片图像的专有数字病理分析平台，通过可选模块完成组织、细胞和生物标志物定量。
数字病理全切片图像
查看详情 AAI 工具
Aivia
用于二维至五维显微图像可视化、分割、跟踪和表型分析的专有软件平台。
显微成像图像分析
查看详情 ZAI 工具
ZEISS arivis Pro
用于大型二维、三维和四维显微数据可视化、分割及可重复分析管线的专有软件。
显微成像图像分割
查看详情 F科研基础设施
FastQC
用于检查高通量测序原始数据质量并生成模块化图表与 HTML 报告的开源软件。
测序质控FASTQ
查看详情 F科研基础设施
fastp
面向短读长 FASTQ 数据的开源预处理工具，可完成质量评估、过滤、接头及低质量碱基修剪，并生成 HTML 和 JSON 报告。
FASTQ 预处理短读长测序
查看详情 C科研基础设施
Cutadapt
按明确的接头、引物或序列规则，在高通量测序读取中查找并移除匹配片段，也支持过滤、双端处理和拆分样本。
接头修剪FASTQ
查看详情 S科研基础设施
SeqKit
用于 FASTA 和 FASTQ 文件查询、转换、统计、抽样、去重与子序列提取的跨平台开源命令行工具集。
序列文件FASTA/FASTQ
查看详情 M科研基础设施
minimap2
用于将 DNA 或 mRNA 序列比对到参考序列的开源程序，支持长读长、短读长、剪接比对及组装间比对。
序列比对长读长
查看详情 B科研基础设施
Bowtie 2
使用 FM 索引将测序读取比对到较长参考序列的开源命令行工具，支持局部、端到端、带缺口和双端模式。
短读长比对参考基因组
查看详情 B科研基础设施
BEDTools
用于计算基因组区间相交、邻近、覆盖、合并和注释关系的开源命令行工具集。
基因组区间集合运算
查看详情 B科研基础设施
BWA-MEM2
BWA-MEM 算法的优化实现，用于将短读长 DNA 测序数据比对到参考基因组并输出 SAM 结果。
短读长比对基因组学
查看详情 H科研基础设施
HISAT2
基于分层图 FM 索引的开源序列比对器，重点支持将 RNA 测序读段进行剪接感知的基因组或转录本比对。
RNA-seq剪接比对
查看详情 V科研基础设施
VCFtools
用于筛选、汇总和转换 VCF 格式遗传变异数据的开源命令行工具集。
VCF变异数据处理
查看详情 S科研基础设施
SnpEff
根据选定的基因组注释数据库，为遗传变异补充基因、转录本和蛋白质层面的预测后果。
变异注释功能后果
查看详情 C科研基础设施
CNVkit
从靶向测序、外显子组或全基因组测序数据推断并可视化拷贝数变异的开源 Python 工具包。
拷贝数变异测序分析
查看详情 S科研基础设施
scVelo
利用单细胞转录组中的剪接与未剪接计数估计 RNA velocity、潜在时间和转录动力学的开源 Python 工具包。
RNA velocity单细胞动力学
查看详情 M科研基础设施
Monocle 3
用于单细胞 RNA 测序数据聚类、轨迹重建、拟时序排序和差异表达分析的开源 R 工具包。
单细胞轨迹拟时序
查看详情 CAI 工具
CellTypist
使用逻辑回归分类器和内置或自定义参考模型，为单细胞 RNA 测序数据预测细胞类型的开源 Python 工具。
细胞类型注释机器学习
查看详情 NAI 工具
nnU-Net
可根据训练数据自动配置预处理、U-Net 架构、训练和推理流程的开源生物医学图像分割框架。
医学图像分割深度学习
查看详情 DAI 工具
DeepLabCut
通过深度学习从视频中估计用户定义的动物或其他对象关键点位置的开源无标记姿态分析工具箱。
姿态估计行为分析
查看详情 I科研基础设施
ITK-SNAP
用于浏览、标注和分割三维医学图像的开源桌面应用，支持手动与半自动轮廓处理。
医学图像图像分割
查看详情 U科研基础设施
UGENE
集成序列查看、比对、注释、系统发育与可视化工作流的开源跨平台生物信息学套件。
序列分析生物信息学工作台
查看详情