ABOUT THIS TOOL
关于 SAMtools
用于读取、转换、排序、索引和统计 SAM、BAM 与 CRAM 比对文件的开源命令行套件。它面向“处理和检查高通量测序比对文件”这一类科研任务，可通过Linux、macOS、CLI使用。本站将其归入生物与医学，相关能力标签包括测序文件、比对处理。
适合在比对流程中转换、排序、索引和检查 SAM、BAM 或 CRAM 文件。使用 CRAM 时应固定参考序列，任何过滤或重写操作都应保留命令和原始文件校验信息。
SAMtools 适合哪些科研任务？
- 比对文件格式转换与排序
- 建立 BAM 或 CRAM 索引
- 查看覆盖、标志和基础统计
选择与使用建议
建议先用不含敏感信息的小型任务试用，检查输出是否可追溯、能否导出，以及是否适合你所在团队的工作流。涉及论文结论、统计分析或专业模型时，应保留原始来源、参数和人工复核记录。
- 参考序列不一致会影响 CRAM 解码和结果
- 文件可被成功读取不代表比对质量合格
测序文件比对处理
最后核验：2026-08-29
资料来源：官方来源 ↗
工具功能、价格与政策可能变化，请以官方页面为准。